Lagoinha situa-se na região denominada Alto Paraíba no Vale do Paraíba, uma das regiões de povoamento mais antigo do Estado de São Paulo, pois ali foram fundados em meados do séc. XIX, os primeiros povoados e vilas. Em função da localização, do clima e à qualidade da terra, o Vale do Paraíba destacou-se no passado, durante os ciclos do ouro e o do café. Cidades foram surgindo ao longo do Rio Paraíba do Sul lideradas por dois grandes centros, um em cada extremo do Vale: São Paulo e Rio de Janeiro. No período cafeeiro, estradas eram abertas onde antes existiam apenas trilhas e por elas transitavam os tropeiros, que em burros, transportavam o café produzido na região para os portos de embarque.
Era comum, todo “pouso de tropa” localizar-se às margens de um rio ou córrego. Assim nasceu Lagoinha: ao redor de um pouso de tropa, junto a uma pequena lagoa, recebendo daí o seu nome. (Cf. GOUVEIA, 1997, p 4).
A história da cidade começou a ser traçada em 20 de julho de 1.863 com a chegada de Joaquim Antonio Ribeiro e sua esposa Justiniana Maria da Conceição, Antonio Alves da Silva e sua esposa Ana Clara de Jesus, Francisco Antonio Ribeiro e sua esposa Delfina Isabel de Oliveira, e ainda, Balbina Maria da Conceição, todos vindos de Ubatuba, descendentes de espanhóis e indígenas. Devido a todos os irmãos terem “Antonio” no seu nome foram apelidados “Os Antocas” (Cf. GOUVEIA, 1997, p 5).
Essa família, bastante católica, levada pelo zelo religioso e particular devoção à Nossa Senhora da Conceição, doou um pequeno pedaço de terra, próximo ao pouso da tropa, para a construção de uma capela dedicada aquele título de Maria. Ao redor, como era de se esperar, foram surgindo algumas casas e, conseqüentemente, uma Vila nasceu dando início a uma nova história com o correr do tempo.
A capela, pela exigência do direito canônico da época, foi oficializada e passou a receber visitas periódicas de padres e missionários. A partir de então, os Antocas resolveram doar quase todas as suas terras, para a Cúria Diocesana de Taubaté, exceto os lotes que reservaram para si e para seus compadres.
A paróquia de Nossa Senhora da Conceição de Lagoinha, foi elevada à categoria de freguesia em 26 de março de 1866, através da Lei No. 879, sendo integrada ao Município de São Luiz do Paraitinga, comarca de Paraibuna. Mais tarde, através da Lei No. 128, de 25 de abril de 1880, elevou-se a freguesia de Lagoinha à categoria de Vila, e Município da Comarca de São Luiz do Paraitinga. Seus habitantes sempre se empenharam pela emancipação política em relação ao Município de São Luiz do Paraitinga, o que veio acontecer em 19 de fevereiro de 1900 pela Lei No. 38, passando a Município com o nome de “Vila de Nossa Senhora da Conceição de Lagoinha”.
Sendo um Município pobre e tendo de enfrentar grandes dificuldades econômicas a emancipação, após 34 anos, não conseguiu subsistir, retornando em 21 de maio de 1934 à condição de Distrito, mas desta vez passando a pertencer ao Município e Comarca de Cunha, conforme o Decreto-Lei No. 6.448.
Como era difícil a comunicação entre o distrito de Lagoinha e a sede do Município de Cunha, pois a distância era longa, o caminho precário e as viagens desgastantes e lentas, algumas pessoas da vila se reuniram, sob a liderança do Senhor Pedro Alves Ferreira, “Pedro Mané” comerciante local, organizaram um plebiscito pedindo a volta da vinculação do distrito à Comarca de São Luiz do Paraitinga, o que foi conseguido através do Decreto-Lei 14.334 de 30 de novembro de 1934, agradando a todos da região, mesmo por que já havia interesses comuns entre eles.
Somente após nove anos, em 23 de dezembro de 1953, ainda sob a liderança do Sr. Pedro Mané e a ajuda de políticos dentre os quais os Deputados Estaduais Alfredo Farah e André Broca Filho, Lagoinha adquire, finalmente, sua autonomia política através da Lei No. 2456, dando início à nova etapa histórica